จุลินทรีย์ที่มีประโยชน์ และ จุลินทรีย์ก่อโรค ในลำไส้ไก่ไข่ คือ
ในสุขภาพของทางเดินอาหารเป็นกลไกสำคัญในการใช้ประโยชน์ของสารอาหาร ในลำไส้เล็กมี Villi ทำหน้าที่เป็นตัวกรองและอนุญาตให้สารอาหารที่ย่อยสมบูรณ์ผ่านเข้ากระแสเลือดไปเลี้ยงเซลล์ต่าง ๆ ของร่างกาย ถ้าสมดุลของจุลินทรีย์ไม่เหมาะสม หรือมีจุลินทรีย์ก่อโรค หรือเชื้อโรคมากทำให้ขับสารพิษออกมายึกเกาะ Villi เกิดภาวะทำให้ Villi ดูดซึมอาหารไม่หมดและไม่สามารถกรองเชื้อโรคได้ ทำให้เข้าไปในกระแสเลือดเกิดโรคต่าง ๆ ขึ้น นอกจากนี้ในลำใส้มีต่อมน้ำเหลืองเป็นส่วนสำคัญในการสร้างภูมิคุ้มกันกรณีมีเชื้อแปลกปอมเข้าไปในร่างกาย ซึ่งจุลินทรีย์ในลำใส้มี 2 ประเทภคือ
